《指导意见》指出，水利工程建设项目代建制是指政府投资的水利工程建设项目通过招标等方式，选择具有水利工程建设管理经验、技术和能力的专业化项目建设管理单位（以下简称代建单位），负责项目的建设实施，竣工验收后移交运行管理单位的制度。代建单位对水利工程建设项目施工准备至竣工验收的建设实施过程进行管理，按照合同约定履行工程代建相关职责，对代建项目的工程质量、安全、进度和资金管理负责。
《指导意见》规定，代建单位应具有独立的事业或企业法人资格，与代建管理相适应的组织机构、管理能力、专业技术与管理人员；具有满足代建项目规模等级要求的水利工程勘测设计、咨询、施工总承包一项或多项资质以及相应的业绩，或者是政府专门设立（或授权）的水利工程建设管理机构并具有同等规模等级项目的建设管理业绩，或者是承担过大型水利工程项目法人职责的单位。
《指导意见》要求，拟实施代建制的项目应在可行性研究报告中提出实行代建制管理的方案，经批复后在施工准备前选定代建单位。代建单位由项目主管部门或项目法人（以下简称项目管理单位）负责选定。招标选择代建单位应严格执行招标投标相关法律法规，并进入公共资源交易市场交易。代建单位确定后，项目管理单位应与代建单位依法签订代建合同。
《指导意见》明确，代建单位负责组织项目实施，对建设工期、施工质量、安全生产和资金管理等负责，依法承担项目建设单位的质量责任和安全生产责任。项目管理单位负责落实建设资金，监督检查工程建设的质量、安全、进度和资金使用管理情况等工作。地方政府负责协调落实地方配套资金和征地移民等工作，为工程建设创造良好的外部环境。各级水行政主管部门按照规定权限负责管辖范围内水利工程建设项目代建制的监督管理工作。
